Управління здійснює реалізацію державної політики у сферах: карантину та захисту рослин, насінництва та розсадництва.
Відділ карантину рослин:
- проводить огляд та обстеження рослин і продукції рослинного походження на встановлення фітосанітарного стану (виявлення карантинних організмів);
- здійснює видачу карантинних сертифікатів та фітосанітарних сертифікатів на експорт;
- забезпечує ведення реєстру осіб, які здійснюють господарську діяльність, пов’язану з виробництвом та обігом рослин та продукції рослинного походження;
- здійснює державний нагляд за дотриманням карантинного режиму, виробництвом дерев’яного пакувального матеріалу.
Відділ фітосанітарних заходів на кордоні:
- забезпечує охорону території України від занесення регульованих шкідливих організмів;
- проводить інспектування та моніторинг відповідної території та об’єктів регулювання;
- здійснює державний фітосанітарний контроль за рослинами та продуктами рослинного походження та іншими об’єктами регулювання, що переміщуються через пункти пропуску на державному кордоні України та ввозяться на територію області в митниці призначення.
Відділ контролю за обігом засобів захисту рослин:
- здійснює державний контроль за дотриманням регламентів зберігання, транспортування, торгівлі та застосування засобів захисту рослин;
- проводить навчання та видачу допусків (посвідчень) на право роботи з пестицидами;
- забезпечує ведення балансу потреб у засобах захисту рослин за асортиментом і обсягами їх виробництва в Україні та за її межами.
Відділ прогнозування, фітосанітарної діагностики та аналізу ризиків:
- проводить фітосанітарну діагностику та нагляд за розвитком, поширенням і шкодочинністю шкідливих організмів в базових та інших господарствах різних форм власності;
- згідно проведених обстежень здійснює систематичне складання інформаційних та сигналізаційних повідомлень щодо поширення та розвитку шкідливих організмів;
- забезпечує розробку короткострокових та довгострокових прогнозів розвитку і поширення шкідливих організмів та рекомендації по захисту рослин.
Відділ контролю у насінництві та розсадництві здійснює контроль за:
- діяльністю суб’єктів усіх форм власності у сфері насінництва та розсадництва;
- дотриманням сортових та посівних якостей насіння і посадкового матеріалу, що реалізується суб’єктами оптової та роздрібної торгівлі;
- дотриманням суб’єктами насінництва та розсадництва державних стандартів, веденням документації сортових посівів і насаджень;
- оформленням документів на посівні та сортові якості насіння і садивного матеріалу;
- сертифікацією насіння і садивного матеріалу.